甲状腺看似只是一个独立的内分泌器官，其实却作用于全身多系统、多器官，全身几乎所有组织的细胞都含有甲状腺激素受体。因此，如果甲状腺出现异常，就可能会像蝴蝶效应一样影响身体其他系统或器官的健康。
对呼吸系统的影响
如果甲状腺激素严重缺乏时，呼吸功能不良，可能会发生睡眠呼吸暂停，严重时会导致呼吸停止。
对神经系统的影响
甲状腺激素主要维持中枢神经系统的兴奋性，如果缺乏则会出现淡漠、感觉迟钝、行动迟缓、早衰等，严重者会出现昏迷，甚至死亡。如果甲状腺激素分泌过多，会让精神过度兴奋，注意力不集中、易躁易怒，甚至出现精神紊乱，被误认为是精神病。甲状腺激素对胎儿的神经系统发育、分化和功能的完善十分重要，如果在胎儿和新生儿时期甲状腺激素不足，会导致智力低下、耳聋、呆小症等。
对造血系统的影响
甲状腺激素会通过影响造血物质在小肠的吸收而影响造血功能。如果甲状腺激素分泌过多，会让代谢加速，身体消耗过多，导致营养不良而贫血;也可能由于免疫因素的参与，让红细胞、血小板、白细胞受破坏而引起贫血。相反，如果甲状腺激素缺乏，骨髓造血功能会受到抑制，同样影响造血。
对生长发育的影响
甲状腺激素对身体的生长起促进作用，甲状腺激素和生长激素二者协同作用才能促进骨骼正常生长。即使生长激素分泌正常，如果甲状腺激素分泌不足，仍然会影响儿童的生长发育。另外，甲状腺激素也会影响牙齿的发育，当甲状腺激素缺乏时，孩子会表现出牙晚、牙齿不齐、龋齿多、换牙晚等。
对心血管系统的影响
甲状腺激素可以维持心脏的正常泵血功能和心率，对心肌还有直接的刺激作用，如果甲状腺激素分泌异常，就会引起甲状腺性心脏病。如甲状腺激素分泌过多，会引起甲亢性心脏病，反之会引发甲减性心脏病，这些都需要通过治疗甲状腺疾病而不是按照单纯性的心脏病来治疗。
对新陈代谢的影响
甲状腺激素对人体的新陈代谢有促进作用。人体通过食物摄取营养素和热量，然后甲状腺激素通过促进体内一系列生物化学反应，进行重要的物质代谢，促进身体的生长发育和生命活动。如果甲状腺出了问题，分泌的甲状腺激素过多或者不足，就可能会造成体内多种物质代谢故障，导致血糖、血脂异常，骨质疏松，消瘦，水肿等。
对胃肠道和吸收的影响
甲状腺激素过多会使胃肠蠕动加快，导致易饥易饿、排便次数增多;如果甲状腺激素减少，胃肠蠕动减慢，会出现不思饮食、便秘等情况。而甲状腺激素过多时会引起维生素A、B族维生素、维生素C的代谢增加，引起多种维生素不足，过多的甲状腺激素还会引起骨质疏松;甲状腺激素不足时又会阻碍胡萝卜素转化成维生素A，引起高胡萝卜血症和维生素A缺乏。
对生殖系统的影响
甲状腺激素缺乏时会导致性腺发育迟缓、不排卵、月经紊乱、不孕等;甲状腺激素过多时会导致月经稀少、经期延长、不易受孕、流产、早产、胎儿畸形等。
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